从零搭建 Codex + Obsidian 人工智能学术知识库#

2.1 Windows#

1. 打开 Obsidian 官方下载页。
2. 在 Windows 下选择 Universal 安装程序。
3. 运行下载的安装文件并完成安装。
4. 从开始菜单打开 Obsidian。

不要从不明镜像下载。官方完整说明见 Download and install Obsidian。

2.2 macOS#

1. 从 官方下载页 下载 macOS Universal 版本；
2. 打开安装镜像；
3. 把 Obsidian 拖到 Applications；
4. 从 Applications 打开。

2.3 Linux#

官方提供 AppImage、Snap 等方式，Flatpak 可使用：

1
flatpak install flathub md.obsidian.Obsidian
2
flatpak run md.obsidian.Obsidian

不同发行版请直接参照 Obsidian 官方安装文档，不要照搬其他系统的命令。

3.1 Windows 桌面端#

官方 Windows 应用支持 PowerShell、本地项目、文件预览、Git、技能和沙箱。两种安装方式任选其一：

• 打开 Codex / ChatGPT Windows 官方文档，点击官方 Microsoft Store 下载链接；
• 或在 PowerShell 运行官方给出的命令：

1
winget install --id 9PLM9XGG6VKS -s msstore

安装后：

1. 打开应用；
2. 使用 ChatGPT 账号登录；
3. 进入 Codex 工作界面；
4. 点击添加项目或使用 Ctrl+O；
5. 选择你的 Obsidian vault 根目录，而不是只选某个子文件夹。

官方快速开始说明见 Codex Quickstart。

3.2 安全设置#

建议选择 Ask for approval / 需要时请求批准，并把工作目录限制在 vault 内。不要为了省一次确认而长期启用全磁盘访问。

Codex 需要修改 vault 中的 Markdown，但通常不需要：

• 访问整个用户目录；
• 删除大量文件；
• 改写 10-原始资料/；
• 把私有论文、未公开实验或个人信息上传到其他服务。

本 vault 的 AGENTS.md 还规定：批量删除、合并、改名和改写原始资料前必须先获得确认。

3.3 检查是否可用#

在 Codex 中打开 vault 后发送：

1
请只读检查当前目录，告诉我：
2
1. workspace 根目录；
3
2. 是否读取到了 AGENTS.md；
4
3. 原始资料层和知识库层分别是哪两个目录。
5
不要修改文件。

期望回答应包含：

• 根目录为 obsidian_program；
• 项目规则为根目录的 AGENTS.md；
• 原始资料层是 10-原始资料/；
• Wiki 层是 20-知识库/。

4.1 全新创建#

首次打开 Obsidian：

1. 选择 Create new vault；
2. 输入 vault 名称；
3. 选择保存位置；
4. 点击 Create。

4.2 打开本教程已经部署的 vault#

本机不需要再创建空 vault：

1. 在 Obsidian 的 vault 切换器中选择 Open folder as vault；
2. 选择 obsidian_program
3. 点击打开；
4. 打开 知识库首页。

官方步骤见 Create a vault。

WARNING

不要在一个 vault 内再创建另一个 vault。Obsidian 官方提醒，嵌套 vault 会让内部链接更新不可靠。

6.1 Files and links#

本 vault 已写入：

• Default location for new notes：00-收件箱
• Attachment folder path：90-系统/附件
• 自动更新内部链接：开启
• 链接格式：Obsidian Wikilinks，即 [[页面名]]

这保证临时创建的内容不会散落在根目录，图片也不会与知识页混在一起。

6.2 Core plugins#

以下核心插件已经启用：

• File explorer
• Search
• Graph view
• Backlinks
• Outgoing links
• Properties
• Daily notes
• Templates
• Command palette
• Outline
• File recovery

第三方插件默认没有安装。先运行基础流程一到两周，再根据真实痛点决定是否增加。

6.3 Templates#

在 Settings → Core plugins → Templates 中，模板目录应为：

1
90-系统/模板

已经提供：

• 文献笔记模板
• 概念笔记模板
• 主题综述模板
• 研究项目模板
• 实验记录模板
• 每日笔记模板

在 Obsidian 中创建新文件后，打开命令面板 Ctrl+P，执行 Templates: Insert template 即可插入。

Obsidian 官方说明：模板中的 properties 会与当前笔记已有 properties 合并。参考 Templates 与 Properties。

6.4 Daily notes#

已经配置：

• 文件夹：60-每日笔记
• 文件名格式：YYYY-MM-DD
• 模板：90-系统/模板/每日笔记模板

点击左侧日历按钮，或通过命令面板运行 Open today’s daily note。官方说明见 Daily notes。

6.5 Graph view#

关系图谱已经默认排除原始资料、模板和附件，避免 PDF、图片和系统文件淹没真正的知识关系；并按概念、文献笔记、项目/实验设置了颜色组。

图谱适合发现：

• 没有入链的孤立 Wiki 页面；
• 连接很多主题的核心概念；
• 只有文献笔记、缺少概念综合的区域；
• 项目和已有知识之间的断裂。

图谱不是知识质量本身。连接多不等于结论正确。

8.1 放入论文#

把一篇你真正读过或准备精读的 PDF 放到：

1
00-收件箱/

文件名建议：

1
年份-第一作者-短标题.pdf

例如：

1
2017-Vaswani-Attention-Is-All-You-Need.pdf

8.2 让 Codex 先规划，再写入#

发送：

1
请摄取 00-收件箱/2017-Vaswani-Attention-Is-All-You-Need.pdf。
2

3
严格遵守 AGENTS.md。先只读检查：
4
1. 资料是否可读；
5
2. 最合适的原始资料目标路径；
6
3. 计划新建或更新哪些 Wiki 页面；
7
4. 哪些元数据需要我补充。
8

9
先向我展示计划，不要写文件。

确认计划后发送：

1
按刚才的计划执行摄取。
2

3
要求：
4
- 原始 PDF 归入 10-原始资料/论文；
5
- 创建结构化文献笔记；
6
- 只创建本篇论文真正需要的概念页，不要一次铺开几十个空页面；
7
- 每个事实性主张能追溯到论文页码、章节或图表；
8
- 更新知识库首页和变更日志；
9
- 最后列出变更、待核验项和我应重点复核的三处内容。

8.3 人工复核#

至少检查：

• 标题、作者、年份、venue、DOI 是否真实；
• 一句话贡献是否过度概括；
• 数据集、评价指标、基线和数字是否与原文一致；
• “局限”是论文明确陈述，还是 Codex 的合理推断；
• 概念页是否真的综合了知识，而不是把摘要换一种说法；
• Wiki 页面是否链接回原始 PDF 或文献笔记；
• 知识库首页 与 变更日志 是否更新。

TIP

对学术工作，最省时间的不是“完全不复核”，而是让 Codex 明确指出最值得复核的主张、数字和推断。

9.1 Obsidian Web Clipper#

Obsidian 官方 Web Clipper 可把网页内容与元数据保存为本地 Markdown，支持 Chrome、Firefox、Safari、Edge 等浏览器。安装入口与隐私说明见 Obsidian Web Clipper。

推荐配置：

• 保存位置：10-原始资料/网页剪藏
• 文件名：{{date|date:"YYYY-MM-DD"}}-{{domain}}-{{title}}
• properties 至少包含：原始 URL、作者、发布日期、剪藏日期

剪藏后，图片默认可能仍是远程链接。需要长期离线保存时，在 Obsidian 命令面板运行 Download attachments for current file。官方步骤见 Clip web pages。

9.2 课程与书籍#

• 讲义、章节和转写放在 10-原始资料/课程与书籍/；
• 一章一章处理通常比整本一次处理更稳；
• 对教材公式，要求 Codex保留符号定义和推导条件；
• 课程老师的口头判断与正式论文结论要分开标记。

9.3 自己的想法#

想法先进入 00-收件箱/ 或每日笔记，并明确标记为“个人想法”或“研究假设”。没有来源时，不要让 Codex 把它改写成既成事实。

10.1 只回答，不写文件#

1
基于当前知识库回答：
2
“对小样本图像分类，参数高效微调与全量微调的主要权衡是什么？”
3

4
先读知识库首页，再检索相关 Wiki 页面；必要时回查原始资料。
5
区分来源陈述、综合判断和推测。给出 vault 内链接。
6
本次不要修改文件。

10.2 把高价值综合写回#

如果回答形成了长期有用的比较：

1
刚才的回答值得保留。请将其整理为一篇主题综述：
2
- 避免重复已有页面；
3
- 保留证据链；
4
- 标出结论适用范围和冲突来源；
5
- 更新知识库首页与变更日志。

不值得长期复用的临时问答不要全部写回，否则 Wiki 会快速膨胀。

11.1 创建项目#

在 30-研究项目/ 创建项目文件夹和主页，插入 研究项目模板。

让 Codex 协助：

1
请根据当前知识库，把“项目名”整理成一个可执行研究计划。
2

3
要求：
4
- 研究问题必须明确；
5
- 假设必须可证伪；
6
- 给出最小可行实验；
7
- 成功标准可测量；
8
- 每个动机和方法选择链接到已有知识；
9
- 不要虚构数据或基线。

11.2 记录实验#

每次实验从 实验记录模板 开始，至少保存：

• 代码 commit；
• 数据版本与切分；
• 环境和硬件；
• 随机种子；
• 完整配置与执行命令；
• 与基线相比的唯一变化；
• 原始日志、检查点和图表路径；
• 失败分析与下一步。

不要只记录“效果提升”。没有上下文的单个数字以后几乎无法解释。

15.1 基本原则#

• 同步不等于备份；
• 至少保留两份副本，其中一份不与主目录实时镜像删除；
• 未公开论文、审稿材料、个人数据和实验凭据不要放入公共仓库；
• API key、账号令牌和密码永远不要写进 vault。

15.2 Obsidian Sync 或云盘#

可使用 Obsidian Sync，或你已经信任的同步方案。开始前先做一次完整本地副本。

15.3 Git#

Markdown 很适合版本控制。若你熟悉 Git，可以为 vault 单独建立私有仓库。建议忽略经常变化的工作区布局：

1
.obsidian/workspace.json
2
.obsidian/workspaces.json
3
.trash/

Obsidian 官方也特别指出 workspace.json / workspaces.json 会随打开文件频繁变化，可加入 .gitignore。见 How Obsidian stores data。

WARNING

当前 vault 所在用户目录可能已处在其他 Git 配置或父级仓库中。初始化新仓库前先运行 git rev-parse --show-toplevel 检查边界；不要把整个用户目录意外提交到远程。

每天 5 分钟#

• 把新资料放入收件箱；
• 在每日笔记写下研究问题和连接；
• 把有长期价值的实验或结论链接到项目。

每周 30–60 分钟#

• 清空收件箱；
• 摄取 1–5 个高价值来源；
• 执行一次只读健康检查；
• 人工复核冲突、数字和引用；
• 备份。

每月#

• 更新主题综述；
• 把过时页面标为 stale；
• 检查研究项目与知识库是否断开；
• 合并重复概念，但先人工确认；
• 评估是否真的需要新插件或语义搜索。

摄取论文#

1
摄取 <文件路径>。严格遵守 AGENTS.md。
2
先查重，再创建文献笔记；仅更新真正相关的概念和综述。
3
所有结论标明证据位置，不确定内容标注待核验。
4
更新知识库首页与变更日志。

对比两种方法#

1
基于当前知识库比较 <方法 A> 与 <方法 B>。
2
按假设、计算成本、数据需求、效果、适用边界和失败模式组织。
3
引用 vault 内页面；缺少证据时明确说缺少。
4
先回答，不写文件。

寻找研究空白#

1
基于已有主题综述和文献笔记，提出 5 个研究空白。
2
每个空白给出：
3
- 已知证据；
4
- 仍未知什么；
5
- 为什么重要；
6
- 最小可行实验；
7
- 最大风险。
8
把“来源支持”和“你的推断”分开。

更新旧综述#

1
用最近摄取的来源复核 <综述页面>。
2
列出被支持、被削弱、被推翻和仍未知的结论。
3
先显示拟修改的段落和证据，不要直接覆盖。

实验复盘#

1
读取 <实验记录> 及其日志，只根据实际产物复盘。
2
判断结果是否支持原假设，识别混杂变量和复现缺口。
3
不要补造缺失数字。

Codex 没有遵守 AGENTS.md#

1. 确认 Codex 打开的项目是 vault 根目录；
2. 确认根目录确实存在非空 AGENTS.md；
3. 新建任务或重启当前 Codex 会话；
4. 让 Codex 只读列出它加载的规则来源；
5. 检查更高层或更深目录是否存在 AGENTS.override.md。

官方说明：Codex 每次新运行时重新建立指令链。见 AGENTS.md 官方指南。

模板命令里看不到模板#

1. 确认 Templates 核心插件已开启；
2. 模板目录应为 90-系统/模板；
3. 路径不要以 vault 根目录的绝对路径填写；
4. 重启 Obsidian 后再试；
5. 用 Ctrl+P 搜索 Templates: Insert template。

每日笔记是空白#

1. 确认 Daily notes 核心插件已开启；
2. 新文件位置应为 60-每日笔记；
3. 模板位置应为 90-系统/模板/每日笔记模板；
4. 删除测试用的空白当日日记后重新创建，或手动插入模板。

新图片散落在当前文件夹#

检查 Settings → Files and links → Attachment folder path，应为：

1
90-系统/附件

Web Clipper 无法写入#

• vault 名称必须与 Obsidian 中显示的名称完全一致，而不是完整路径；
• 检查目标文件夹名；
• 确认 Obsidian URI 已正确注册；
• 参考 Web Clipper Troubleshooting。

Wiki 越来越乱#

通常不是文件夹不够多，而是以下规则没有执行：

• 一次摄取一个来源；
• 首页索引每次更新；
• 页面先查重；
• 新概念必须有真实内容；
• 每周巡检孤立页面和重复概念；
• 临时答案不全部写回。

软件#

• Obsidian 能打开 vault 根目录
• Codex 能打开同一根目录
• Codex 能读取 AGENTS.md

Obsidian#

• 新笔记默认进入 00-收件箱
• 附件默认进入 90-系统/附件
• Templates 能看到六个模板
• Daily notes 在 60-每日笔记 生成带模板的笔记
• 图谱能显示 Wiki 页之间的关系

知识库#

• 知识库首页 可打开全部主要目录
• 变更日志 有初始化记录
• 原始资料与 Wiki 分层明确
• 第一个来源已生成文献笔记
• 关键结论可以回到来源
• 首页索引和变更日志随摄取更新

研究质量#

• 没有虚构 DOI、页码、引文或实验数字
• 推断与来源陈述明确区分
• 项目假设可证伪
• 实验记录包含复现信息
• 对外输出在定稿前回查原文